为什么 git checkout 无法还原状态为 modify 的文件？

我遇到过很奇怪的问题：

windows 环境下，远程仓库比本地仓库领先好几个版本，本地有一部分文件因为无意义的修改，导致无法 pull 合并，提示我要么保存，要么还原。

然后我还原了所有的文件，就惊讶的发现有 3 个文件，还原不了，git status 看，它们的状态都是 modifyed ，但是 git checkout 文件名就是无效；后来网上查了一下，于是用 git reset head 文件名，在 checkout ，还是不行。
git pull 始终提示这 3 个文件被修改过，所以无法 merge ； git status 看到这 3 个文件始终是 modifyed 状态。

于是我就开始上网查原因，发现 stackflow 有个文章提了两点：
1.如果开启了 core.autocrlf ，也就是自动换行符转换，那么可能会发生这个现象，但是我并没有开。
2.如果你的操作系统是大小写不敏感，而恰好你 git 的仓库有两个同名，但是大小写有区别的文件，就会导致这个问题。windows 确实是大小写不敏感；但是我检查了 git 的仓库，没有发现同名但是大小写不同的文件。


所以这个问题最后我也没有解决，只能删除旧的本地库后，重新 clone 一份了事，新的 clone 就没有发现这个现象了。这到底是什么原因